Slurm_note

Slurm使用帮助

From https://zhuanlan.zhihu.com/p/356415669

1. Slurm 命令

Slurm命令	功能
sinfo	查看集群分区状态
squeue	查看作业队列
srun, salloc	交互式运行作业
sbatch	提交作业
scancel	取消作业
scontrol	查看和修改作业参数
sacct	查看已完成作业

2. Sinfo

sinfo               #查看所有分区状态
sinfo -a            #查看所有分区状态
sinfo -N            #查看节点状态
sinfo -n node-name  #查看指定节点状态
sinfo --help        #查看sinfo的说明

2.1 节点状态

alloc	idle	mix	down	drain
节点在用	节点可用	部分占用	节点下线	节点故障

3. Squeue

squeue              #查看运行中的作业列表
squeue -l           #查看列表细节信息
squene -j job-id    #查看运行中作业信息
squeue -u username  #查看user所有运行中的作业

3.1 作业状态

R	PD	CG	CD
正在运行	正在排队	即将完成	已完成

4. 提交作业

Slurm提交作业有3种模式，分别为交互模式，批处理模式，分配模式，这三种方式只是用户使用方式的区别，在管理，调度，记账时同等对待。

4.1 参数说明

以下所有参数在 srun, sbatch, salloc 中均可以使用。更多参数见srun --help, sbatch --help, salloc --help。

-c, --cpu-per-task=NCPUs        #指定每个进程使用核数，不指定默认为1
-e, --error=error_filename      #指定错误文件输出
-J, --job-name=JOBNAME          #指定作业名称
--mail-type=END/FAIL/ALL        #邮件提醒，可选:END,FAIL,ALL
--mail-user=mail_address        #通知邮箱地址
-n, --ntask=NTASKs #指定总进程数；不使用cpus-per-task，可理解为进程数即为核数 
--ntask-per-node=N #指定每个节点进程数/核数，使用-n参数后变为每个节点最多运行的进程数
-N, --nodes=N                   #指定节点数量
-o, --output=out_filename       #指定输出文件输出
-p, --partion=debug             #指定分区
-t, --time=dd-hh:mm:ss          #作业最大运行时间
-w, --nodelist=node[1,2]        #指定优先使用节点，不可与避免节点冲突
-x, --exclude=node[3,5-6]       #指定避免使用节点，不可与优先节点冲突
--mem-per-cpu=MB                #指定计算cpu最大占用内存大小

4.2 交互模式 Srun

交互式作业提交，提交命令后，等待作业执行完成之后返回命令行窗口。

Demo of srun

srun -J JOBNAME -p debug -N 2 -c 1 -n 32 --ntasks-per-node=16 -w node[3,4] -x node[1,5-6] --time=dd-hh:mm:ss --output=file_name --error=file_name --mail-user=address --mail-type=ALL mpirun -n 64 ./iPic3D ./inputfile/test.inp

同 Demo of sbatch

4.3 批处理模式 Sbatch

批处理作业是指用户编写作业脚本，指定资源需求约束，提交后台执行作业。提交批处理作业的命令为 sbatch，用户提交命令即返回命令行窗口，但此时作业在进入调度状态，在资源满足要求时，分配完计算结点之后，系统将在所分配的第一个计算结点（而不是登录结点）上加载执行用户的作业脚本。批处理作业的脚本为一个文本文件，脚本第一行以 “#!” 字符开头，并制定脚本文件的解释程序，如 sh，bash。

运行 sbatch filename 来提交任务；计算开始后，工作目录中会生成以 slurm 开头的.out 文件为输出文件（不指定输出的话）。

Demo of sbatch

保存在运行程序目录下即可，文件名随意（可以无后缀，内容文本格式即可）；作业提交命令sbatch filename

#!/bin/bash 
#提交单个作业
#SBATCH --job-name=JOBNAME      %指定作业名称
#SBATCH --partition=debug       %指定分区
#SBATCH --nodes=2               %指定节点数量
#SBATCH --cpus-per-task=1       %指定每个进程使用核数，不指定默认为1
#SBATCH -n 32       %指定总进程数；不使用cpus-per-task，可理解为进程数即为核数
#SBATCH --ntasks-per-node=16    %指定每个节点进程数/核数,使用-n参数（优先级更高），变为每个节点最多运行的任务数
#SBATCH --nodelist=node[3,4]    %指定优先使用节点
#SBATCH --exclude=node[1,5-6]   %指定避免使用节点
#SBATCH --time=dd-hh:mm:ss      %作业最大运行时长，参考格式填写
#SBATCH --output=file_name      %指定输出文件输出
#SBATCH --error=file_name       %指定错误文件输出
#SBATCH --mail-type=ALL         %邮件提醒,可选:END,FAIL,ALL
#SBATCH --mail-user=address     %通知邮箱地址

source /public/home/user/.bashrc   #导入环境变量文件

mpirun -n 32 ./iPic3D ./inputfiles/test.inp #运行命令

同 Demo of srun

4.4 分配模式 Salloc

结点资源抢占命令。该命令支持用户在提交作业前，抢占所需计算资源（此时开始计算所用机时）。需请求资源，然后在获取节点后登录到计算节点。目前作者使用设备可直接登录计算节点，暂未使用。 sacct 命令也未启用，暂无说明，有需要可在文末参考网页查看。

5. Scontrol

5.1 信息查看

scontrol show job JOBID         #查看作业的详细信息
scontrol show node              #查看所有节点详细信息
scontrol show node node-name    #查看指定节点详细信息
scontrol show node | grep CPU   #查看各节点cpu状态
scontrol show node node-name | grep CPU #查看指定节点cpu状态

5.2 更新作业

在任务开始前却发现作业的属性写错了（例如提交错了分区，修改名字），取消了重新排队似乎很不划算。如果作业恰好 没在运行，我们是可以通过 scontrol 命令来更新作业的属性

scontrol update jobid=JOBID ... #...为下面参数
reqnodelist=<nodes>
reqcores=<count>
name=<name>
nodelist=<nodes>
excnodelist=<nodes>
numcpus=<min_count-max_count>
numnodes=<min_count-max_count>
numtasks=<count>
starttime=yyyy-mm-dd
partition=<name>
timelimit=d-h:m:s
mincpusnode=<count>
minmemorycpu=<megabytes>
minmemorynode=<megabytes>

References

1. 作业调度系统 · 北京大学高性能计算使用指南
2. SLURM 使用参考
3. Slurm 作业调度系统 — 上海交大超算平台用户手册 文档
4. SLURM使用基础教程 - 曙光先进计算
5. Slurm User Guide for Great Lakes | ITS Advanced Research Computing